Debido a que este programa ya cuenta con amplios antecedentes desde su inicio en el año 2000, la estrategia de intervención para el periodo 2009-2011 gracias al apoyo del Fondo Ambiental (el primer periodo fue 2007-2008), sigue unos lineamientos claros que han ido ajustándose con el tiempo en base a las necesidades que se encontraron durante el tiempo de la experiencia.
La estrategia supone que a través de la investigación y la participación activa de varios sectores de la sociedad en el programa propuesto (grupos étnicos y estudiantes a través de la intervención directa - población en general a través de los procesos de educación, capacitación, sensibilización y divulgación), podamos obtener las herramientas necesarias para concretar esfuerzos de conservación en las áreas de acción del PCAHE, utilizando para esto la revaloración de una especie emblemática y desconocida. Además, mediante la ubicación de las áreas de cría de Águila Harpía se consigue localizar zonas especialmente sensibles a cambios ambientales que requieren un manejo adecuado, que esté reflejado en las normativas de los planes de manejo de estas regiones.
Adicionalmente, con la colocación de transmisores vía satélite con GPS incorporado en individuos juveniles, material de alta tecnología, Ecuador es el primer país en el mundo en conocer los movimientos de dispersión de los ejemplares marcados y el uso que hacen del hábitat a lo largo de- por el momento- 2 años y medio. Con ello se podrán localizar áreas como corredores biológicos e identificar áreas sensibles para la conservación.
Parte importante de la estrategia, como se ha mencionado, es dar a conocer el estudio y las acciones que se llevan a cabo dentro del PCAHE al público en general, con especial énfasis a las comunidades indígenas, población local de la provincia de Sucumbíos, crear alianzas con diversas instituciones nacionales e internacionales, fortalecimiento del Ministerio del Ambiente y sensibilización de los actores locales y la sociedad, que aporten al reconocimiento del valor del patrimonio natural y cultural del Ecuador.